大雄因为被爸爸训斥，赌气用“时间包袱皮”把一只家鸡复原成了恐鸟。哆啦A梦调查发现，包袱皮能量泄漏，在太平洋某处创造了一座“奇迹之岛”，岛上全是已灭绝的生物。五人组登岛后发现，这里不仅有渡渡鸟、袋狼、大海牛，还有一群自然保护志愿者。但一家名为“盖亚基因”的跨国生物公司也发现了岛屿，他们打着“复活物种”旗号，实则是要提取古生物基因制造生物武器。盖亚公司的武装直升机炸毁了岛屿的结界，动物们惊慌失措。大雄在逃跑时看到一只袋狼母亲为保护幼崽被麻醉枪击中，他哭着冲回去。关键时刻，原本一直看不上大雄的爸爸——野比伸助，通过大雄忘记关的跨次元对讲机听到了一切，他酒后骑摩托车冲进时空隧道，用家里的竹剑打翻了两个守卫。最后岛屿沉没，但在哆啦A梦的帮助下，所有动物的基因数据被保存到了未来博物馆。大雄对爸爸说：“对不起，以后我不乱跑了。”爸爸说：“我年轻时也跑丢过。”
少有的聚焦野比伸助父子的哆啦A梦剧场版，把家庭争吵和物种灭绝主题结合得意外催泪。袋狼母亲挡枪那段是全系列最残忍也最温柔的镜头之一。爸爸骑摩托穿越时空简直中二浪漫天花板。
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